Les gaz à traiter subissent d'abord une étape de préparation afin de les rendre compatibles avec les microorganismes du milieu filtrant. Cette étape peut inclure l'humidification, le refroidissement et/ou le dépoussiérage. L'air est ensuite acheminé vers le biofiltre où la flore microbienne effectue la dégradation des contaminants, qui sont transformés en eau et en gaz carbonique. Le lit bactérien est constitué de différents matériaux (biomasse) dont la composition varie en fonction du type de contaminant. Des nutriments peuvent être ajoutés dans le but de favoriser la croissance de la flore microbienne, et le niveau du pH doit être contrôlé. La fréquence de changement des milieux filtrants généralement utilisés (tourbe, écorce) varie entre six mois et deux ans, selon les caractéristiques des gaz traités et du procédé. La durée de vie des milieux filtrants peut atteindre jusqu'à sept ans, lorsque des copeaux de bois compostés ou des racines compostées sont utilisés.
Les microorganismes utilisés ne sont pas pathogènes. Les risques pour la santé des travailleurs sont donc très faibles, et seules les mesures préventives usuelles sont applicables. Il s'agit essentiellement du port de gants et de masques respiratoires, ainsi que du nettoyage des lieux et d'une bonne hygiène personnelle. Si un déversement accidentel survenait, les microorganismes ne survivraient pas sans un apport important de substrat. Pour le traitement de vapeurs de solvants tels que l'éthanol et le toluène, il est nécessaire de prendre certaines précautions, même si les risques de contamination de l'environnement sont faibles. Ces risques sont uniquement associés à un éventuel bris mécanique des installations. Toute fuite dans l'environnement est généralement détectée et gérée promptement.
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